داستان مجموعه درباره پسری مؤمن و دانا به نام فرید است که قدرت خارق‌العاده‌ای در حل معماهای سخت دارد و از این طریق مشکلات مردم را برطرف می‌کند. او با اتکا به هوش خدادادی‌اش با شخصیت‌های منفی داستان به مقابله می‌پردازد. خواجه احمد، عطار شهر و استاد فرید نیز با نگاه تقوا گرایانه‌ی خود سعی می‌کند به فرید و بچه‌های دیگر کمک کند تا باور و ایمان خود را تقویت کرده و جهت صحیح را در حل مسائل بیابند. در مجموعه انیمیشن معماهای فرید، سعی شده با استفاده از طرح معما و سئوالات هوش، مسائل مختلف اخلاقی، تربیتی و انسانی، به مخاطب کودک و نوجوان منتقل شود. همچنین به موضوعاتی چون مقابله با ظلم و کمک به ستمدیدگان توجه شده و اندیشه‌های اسلامی و نیز هویت اصیل ایرانی در قالب داستان‌های اخلاق محور به کار گرفته شده است.